小分子篩選下游靶點蛋白是藥物發(fā)現(xiàn)、疾病機制研究以及生物學功能探究中的關鍵環(huán)節(jié)。小分子藥物結合靶點蛋白的發(fā)現(xiàn)，不僅能幫助理解疾病的分子機制，也能指導藥物的設計與優(yōu)化，從而提高藥效、減少副作用，并推動精準醫(yī)療的發(fā)展。達吉特針對此提供了兩類不同的靶點篩選方案，方案一：基于修飾的策略，引入標記基團，提高篩選效率，便于后續(xù)分析，適用于可以進行生物素或炔基標記的小分子；方案二：非修飾策略，適用于不能夠進行化學修飾的小分子，保持小分子原貌，技術難度較低，直接反應小分子與靶點的相互作用。從小分子標記到小分子靶點篩選再到小分子靶點蛋白的驗證，達吉特具備全鏈條服務體系，幫助研究人員在多個階段有效篩選和驗證潛在的藥物靶點。(達吉特官網(wǎng)：www.tgtmed.com)

丨 方案一：基于修飾的策略

No.1 20K人類蛋白組芯片

芯片上有超過2萬種人類全長蛋白質(zhì)，覆蓋81%的人類基因組ORF區(qū)，是目前世界上通量最高的蛋白質(zhì)芯片。將帶有生物素標記的小分子與20K芯片共同孵育，再引入帶有CY3或CY5熒光的鏈霉親和素，通過檢測芯片上的熒光信號，即可確定小分子的直接結合靶蛋白。20K芯片不僅能夠篩選出與小分子直接結合的靶點蛋白，還能解決傳統(tǒng)方法中由于蛋白豐度低而難以捕捉的藥-靶結合問題，更因其具備豐富的蛋白種類，單次實驗即可產(chǎn)出多項科研成果，具有極高性價比。

丨 技術路線

Step1：將小分子標記上生物素

Step2：標記了生物素的小分子和芯片共同孵育

Step3：加入帶有熒光的鏈酶親和素

Step4：固定波長下進行熒光檢測，讀取芯片上的熒光信號值

丨 芯片優(yōu)勢

1.  篩選直接結合的靶點蛋白，假陽性率較低

2. 無需克隆構建、細胞培養(yǎng)和轉染實驗

3. 芯片覆蓋多種蛋白類型，結合蛋白范圍更廣，性價比較高

4. 采用酵母表達純化，蛋白豐度高，可檢測到微弱蛋白互作現(xiàn)象

No.2  ABPP基于炔基標記的點擊化學技術

ABPP（Activity-Based Protein Profiling）是在點擊化學和LC-MS質(zhì)譜基礎上發(fā)展起來的小分子化合物靶點蛋白的篩選技術。將小分子進行炔基標記后處理細胞，通過簡便高效的點擊化學反應，將結合上靶點蛋白的炔基小分子連接到帶有疊氮的磁珠上，通過磁珠離心獲取小分子靶向結合的靶點蛋白。進一步，通過LC-MS分析出小分子的潛在靶點蛋白。

丨 技術路線

Step1：小分子進行炔基標記

Step2：標記了炔基的小分子與細胞共孵育

Step3：預實驗，使用熒光標記的疊氮與細胞裂解液共同孵育，通過熒光凝膠以及熒光成像系統(tǒng)檢測反應條帶

Step4：正式實驗，使用生物素標記的疊氮與細胞裂解液共同孵育

Step5：利用鏈霉親和素磁珠釣出靶蛋白

Step6：質(zhì)譜分析，鑒定靶蛋白

丨 特點優(yōu)勢

1.  炔基修飾對小分子的活性和結構影響小，幾乎不干擾小分子原本的生物活性

2.  炔基標記的小分子可在活細胞水平上進行靶點篩選

3.  研究方向明確，篩選到的是與研究方向相關的靶點蛋白

4.  擁有完整的小分子炔基標記體系

No.3  Pull down+MS技術

小分子藥靶篩選的Pull down實驗是一種有效的篩選藥物與潛在靶蛋白之間相互作用的體外技術。利用生物分子之間的親和力原理，將生物素標記的小分子化合物固定在鏈霉親和素的磁珠上，與蛋白裂解液進行孵育，孵育結束后與小分子結合的蛋白可以通過質(zhì)譜檢測，將下游的靶點蛋白鑒定出來。該方法簡單易行，操作方便，在藥靶篩選方面已得到廣泛的應用。

丨 技術路線

Step1：小分子進行生物素標記

Step2：標記了生物素的小分子與鏈霉親和素磁珠共同孵育，將小分子固定到磁珠上，形成小分子探針

Step3：將小分子探針與細胞裂解液共同孵育

Step3：離心、洗脫，獲取靶蛋白

Step4：質(zhì)譜分析，對靶蛋白進行鑒定

丨 特點優(yōu)勢

1.  不受結合原理限制，適用范圍廣

2.  研究方向明確，篩選到的是與研究方向相關的靶點蛋白

3.  鑒定到的靶點蛋白數(shù)量較多

4.  可檢測到細胞內(nèi)與小分子結合的靶點蛋白及其互作網(wǎng)絡譜

No.4  SPIDER基于鄰近標記技術的膜蛋白靶點篩選技術

SPIDER技術的原理基于結核分枝桿菌類泛素蛋白酶體系統(tǒng)中底物Pup分子在體外能夠招募PafA連接酶發(fā)揮鄰近標記作用。將小分子進行生物素標記后處理活細胞，當小分子與靶蛋白（Target）發(fā)生相互作用時，會同時與偶聯(lián)了生物素的SAm-PupE靠近。在PafA酶的催化作用下，PupE的C末端會與Target蛋白表面的賴氨酸殘基共價相連，形成類泛素連接反應，進一步，通過LC-MS分析出小分子的潛在靶點蛋白。該過程將小分子與蛋白質(zhì)之間的非共價結合相互作用轉換為SAm-PupE與靶蛋白的共價連接，從而能夠穩(wěn)定地用于后續(xù)靶蛋白的富集、鑒定和分析。

丨 技術路線

Step1：小分子進行生物素標記

Step2：標記了生物素的小分子與活細胞共同反應

Step3：引入帶有PupE的鏈酶親和素和PafA酶

Step3：利用生物素磁珠釣取靶蛋白

Step4：質(zhì)譜分析，對靶蛋白進行鑒定

丨 特點優(yōu)勢

1. 在活細胞水平上進行靶點篩選，能夠保證膜蛋白的活性；

2. 將小分子與互作蛋白轉為共價結合，形成類泛素化連接反應；

3. 嚴苛洗脫條件降低非特異性干擾。

丨 方案二：非修飾的策略

No1. DARTS藥物親和反應靶向穩(wěn)定性技術

藥物親和反應靶向穩(wěn)定性技術（Drug Affinity Responsive Target Stability，DARTS）是由美國University of California科研團隊于2009年提出的。該方法操作簡便，可適用于大多數(shù)小分子化合物。DARTS技術是基于蛋白的酶解穩(wěn)定原理，即小分子和靶點蛋白結合后增強靶點蛋白的酶解穩(wěn)定性。在正常情況下，靶點蛋白容易被廣譜的蛋白酶水解成多個肽段。然而，當小分子化合物與靶點蛋白結合后，這種結合作用會穩(wěn)定靶點蛋白的結構，使其更難被蛋白酶水解。比對加藥組與未加藥組蛋白酶處理后的蛋白殘留情況，最后通過質(zhì)譜鑒定到小分子的潛在靶點蛋白。

丨 技術路線

Step1：預實驗，摸索最適酶濃度

Step2：正式實驗，小分子與靶細胞裂解液共孵育，根據(jù)預實驗結果選取最適酶濃度處理，進行SDS-PAGE凝膠電泳

Step3：利用質(zhì)譜鑒定靶點蛋白

丨 特點優(yōu)勢

1. 小分子無需修飾，其構象與活性不產(chǎn)生影響

2. 實驗原理簡單，服務周期短

3. 每組3重復，排除個體差異

4. 不適于在自然條件下抵抗蛋白質(zhì)水解的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)結構域

No2. LiP-MS限制性酶解-質(zhì)譜分析技術

限制性酶解-質(zhì)譜分析技術LiP-MS（Limited proteolysis-coupled mass spectrometry）是一種基于有限蛋白酶切的化合物靶點篩選技術，其獨特之處在于無需對化合物進行修飾即可實現(xiàn)對特定化合物結合肽段進行篩選。小分子與蛋白質(zhì)相互作用后，利用兩種蛋白酶交叉切割，最后利用質(zhì)譜技術分析酶解的多肽產(chǎn)物，通過數(shù)據(jù)分析比對兩種酶作用后產(chǎn)生的多肽及位點的不同，鑒定出能夠與小分子結合的特定肽段，從而確定小分子結合的靶點蛋白。

丨 技術路線

Step1：小分子與靶細胞裂解液共孵育

Step2：PK酶處理后進行SDS-PAGE凝膠電泳

Step3：酶解樣品，利用質(zhì)譜鑒定靶點蛋白

丨 特點優(yōu)勢

1. 無需對小分子進行修飾，避免了因修飾可能導致的小分子活性改變，服務周期短

2. 能夠篩選到小分子與靶點蛋白結合的肽段，可進行個性化數(shù)據(jù)分析

3. 實驗設置每組3重復，排除個體差異

4. 更適用于代謝產(chǎn)物及小分子量化合物的靶點篩選研究

No.3 CETSA細胞熱轉移技術

細胞熱轉移技術（Cellular Thermal Shift Assay，CETSA）是2013年由瑞典Karolinska研究所團隊研發(fā)的一項實驗技術。該技術基于蛋白的熱穩(wěn)定性原理，即小分子與靶點蛋白結合后會增強靶點蛋白的熱穩(wěn)定性。隨著溫度的升高，部分蛋白會逐漸降解。相同溫度下，結合了藥物的蛋白質(zhì)具有更高的熱穩(wěn)定性，相比未結合藥物的蛋白質(zhì)，未降解蛋白的量會提高，同時該復合蛋白的熱熔曲線發(fā)生改變，進一步通過質(zhì)譜鑒定到小分子的潛在靶點蛋白。

丨 技術路線

Step1：小分子與靶細胞共孵育

Step2：進行梯度升溫處理后離心，從沉淀蛋白中分離出可溶性蛋白

Step3：收集上清液，利用質(zhì)譜鑒定靶點蛋白

丨 特點優(yōu)勢

1.  小分子無需修飾，其構象與活性不產(chǎn)生影響

2.  實驗原理簡單，服務周期短

3.  需要提供靶細胞，研究方向明確

4.  不適用于在自然條件下耐溫的蛋白質(zhì)

丨關于達吉特

上海達吉特藥業(yè)科技有限公司(簡稱：達吉特)，坐落于上海市閔行區(qū)臨港浦江國際生命健康城，是一家專業(yè)開展小分子與藥物靶點發(fā)現(xiàn)技術的研發(fā)與服務的專業(yè)性高科技企業(yè)。

達吉特核心團隊成員由上海中醫(yī)藥大學、上海交通大學和華東理工大學等知名醫(yī)藥院校的藥物化學、藥理學與系統(tǒng)生物學等跨學科專家組成，致力于為臨床前階段的藥物研發(fā)提供創(chuàng)新性的技術產(chǎn)品和CRO服務。達吉特的主要業(yè)務包含“從藥到靶”和“從靶到藥”兩個方面，涵蓋中藥/復方活性成分發(fā)現(xiàn)、天然化合物庫構建、苗頭藥物篩選、小分子修飾與改造、小分子直接靶點發(fā)現(xiàn)與驗證等多種業(yè)務類型。達吉特正在為創(chuàng)新小分子藥物研發(fā)和中國的中藥現(xiàn)代化提供越來多的助力。

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